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ソースの関数名を new_win01() と new_win02() にしています。

ソース
<html>
<head>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function new_win01(){
window.open("test_win1.html","","width=400,height=100");
}
//-->
</SCRIPT>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function new_win02(){
window.open("test_win2.html","","width=400,height=100");
}
//-->
</SCRIPT>
</head>
<body>
<a href="#" onClick="JavaScript:new_win01();return false">テストウインドウ1</a>
<a href="#" onClick="JavaScript:new_win02();return false">テストウインドウ2</a>
</body>
</html>
HEAD区間に入れるソースをまとめる方法もあります。

同じページで数多く使う場合には、下のようにするといいと思います。

ソース
<html>
<head>
<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function new_win01(){
window.open("test_win1.html","","width=400,height=100");
}
function new_win02(){
window.open("test_win2.html","","width=400,height=100");
}
//-->
</SCRIPT>
</head>
<body>
<a href="#" onClick="JavaScript:new_win01();return false">テストウインドウ1</a>
<a href="#" onClick="JavaScript:new_win02();return false">テストウインドウ2</a>
</body>
</html>
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